APIはIDの変換・URLの取得を行う"convert"、統計情報等を取得する"entry"に大別できます。
[ ]の要素はオプションです。
サンプルAPI
http://biodb.jp/convert/id_type/id_type or db_type/entry_id[,entry_id2,...][format]/ [output][count][format]/[offset,limit][format] |
http://biodb.jp/entry/method[format]/[count][format] |
| 要素 | 指定する文字列 | 概要 |
|---|---|---|
| id_type,db_type | 下記リスト参照 | |
| entry_id | ex(AB210043) | id_typeに該当するデータIDを指定する。（100 IDまで指定可能） |
| output | id | ID対応表を返す |
| url | リンクの対応表を返す | |
| format | .txt | 結果をテキスト形式で返す |
| .json | 結果をjson形式で返す | |
| count | count | 結果の件数を返す |
| offset,limit | 0以上の整数 例(5,10) | 結果の件数を指定する。例では5件目から14件目を取得できる。(limitの上限は100) |
| method | id_type | 登録しているデータIDのリストを返す |
| db_type | 登録しているデータベースのリストを返す | |
| update | 登録しているデータベースの更新情報を返す | |
| url | 各データIDからデータベースへのリンク情報を返す |
http://biodb.jp/convert/acc_id/locusview/AB210043.txt |
##query_id,result_id,state,url AB210043,HIX0026954,1,http://www.h-invitational.jp/hinv/spsoup/locus_view?hix_id=HIX0026954 |
http://biodb.jp/convert/acc_id/locusview/AB210043.json |
{
hfs:{
"query":{
"id_type":"acc_id",
"id":"AB210043"
},
"result":{
"id_type":"hix_id",
"db_type":"locusview",
"url":["http://www.h-invitational.jp/hinv/spsoup/locus_view?hix_id=HIX0026954"],
"id":["HIX0026954"],
"state":"1"
}
}
}
|
|
|
| 概要 | API |
|---|---|
| Accession Number AB210043からH-InvDB Locusviewへのリンク情報(json) | http://biodb.jp/convert/acc_id/locusview/AB210043 | Accession Number AB210043からH-InvDB Locusviewへのリンク情報(txt) | http://biodb.jp/convert/uniprot_id/hit_id/O43278,P56555/id.txt | UniProt Accession Number O43278,P56555とH-Inv Transcript ID (HIT)の対応表(txt) | http://biodb.jp/convert/uniprot_id/transcriptview/O43278,P56555/url.txt |
| UniProt Accession Number O43278,P56555とH-InvDB Transcript ViewのURL対応表(txt) | http://biodb.jp/convert/uniprot_id/transcriptview/O43278,P56555/url/1,1.txt |
| 登録しているデータベース一覧(txt) | http://biodb.jp/entry/db_type.txt |
| 登録しているデータID一覧(txt) | http://biodb.jp/entry/id_type.txt |
| データベースの更新情報(txt) | http://biodb.jp/entry/update.txt |
| データIDのリンク情報(txt) | http://biodb.jp/entry/url.txt |
| レスポンス |
|---|
{hfs:{"query":{"id_type":"acc_id","id":"AB058780"},"result":{"id_type":"hit_id","id":["HIT000001592"]}}}
|
| perl 5.8.0 |
|---|
#!/usr/bin/perl use LWP::UserAgent; ## set URL my $url = "http://biodb.jp/convert/acc_id/hit_id/AB058780"; my $ua = LWP::UserAgent->new(); my $res = $ua->get($url); my $json = $res->content; ## view print "$json\n"; |
| java 1.6.0 |
|---|
import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;
import java.net.HttpURLConnection;
import java.net.URL;
public class Sample {
public static void main(String[] args) throws IOException{
//set URL
URL url = new URL("http://biodb.jp/convert/acc_id/locusview/AB210043");
HttpURLConnection con = (HttpURLConnection)url.openConnection();
con.setRequestMethod("GET");
con.connect();
BufferedReader reader =
new BufferedReader(new InputStreamReader(con.getInputStream()));
//view
String line;
while ((line = reader.readLine())!= null){
System.out.println(line);
}
reader.close();
con.disconnect();
}
}
|
| ruby 1.6.8 |
|---|
#!/usr/bin/ruby
require 'net/http'
Net::HTTP.version_1_2
##set host
host='biodb.jp'
##set URL
path='/convert/acc_id/locusview/AB210043'
Net::HTTP.start(host, 80) {|http|
response = http.get(path)
##view
puts response.body
}
|
| python 2.2.3 |
|---|
#!/usr/bin/python
import httplib
##set host
host = "biodb.jp"
##set URL
path = "/convert/acc_id/locusview/AB210043"
con = httplib.HTTPConnection(host)
con.request('GET', path, body='')
response = con.getresponse()
##view
print response.read()
|