「リンク自動管理システム（Hyperlink Management System）」は、生命科学分野の多数のデータベース間のリンクを自動で更新・管理するための仕組みです。遺伝子やタンパク質等の情報を対象として、データ識別子（ID）の対応表を毎日自動で更新しており、各データベースの各データへのリンクに必要なURLの情報を、毎日自動で更新しています。
一般の研究者等がデータベースやホームページを作成する際に、本サイトで提供しているCGIを呼び出すことによって簡単にリンクを設定することができます。
また、本サイト上では「全データベース検索」、「ID一括変換システム」、「ID対応表のダウンロード」などの便利な機能を利用できます。
本システムは、文部科学省科学技術振興調整費・科学技術連携施策群の効果的・効率的な推進「生命科学データベース統合に関する調査研究」（平成１７ー１９年度）の支援を受けて、産業技術総合研究所生物情報解析研究センターにて開発されました。平成２０年度からは経済産業省統合データベースプロジェクト（ポータルサイト MEDALS）の支援を受けつつ、産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センターにて構築しています。
この作品は、クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされています。
本サイトの提供するシステムを利用する場合は以下の論文を引用してください。
Imanishi T and Nakaoka H (2009) Hyperlink Management System and ID Converter System: enabling maintenance-free hyperlinks among major biological databases. Nucleic Acids Research 37(Web Server Issue) doi:10.1093/nar/gkp355. (http://biodb.jp/)
本サービスは、
http://biodb.jp/hfs.cgi?id=[ID]&type=[ID Type]&db=[Database name] |
サンプル
Accession Number「BC053657」からH-InvDB (Transcript view)へリンクする場合。
http://biodb.jp/hfs.cgi?id=BC053657&type=ACC_ID&db=TRANSCRIPTVIEW |
<a href='http://biodb.jp/hfs.cgi?id=BC053657&type=ACC_ID&db=TRANSCRIPTVIEW'>BC053657</a> サンプル：BC053657 |
| No. | 形式 | 概要 |
|---|---|---|
| 1 | ACC_ID | Accession Number |
| 2 | HIT_ID | H-Inv transcript ID (HIT) |
| 3 | HIX_ID | H-Inv cluster ID (HIX) |
| 4 | HIP_ID | H-Inv protein ID (HIP) |
| 5 | UNIPROT_ID | UniProt Accession Number |
| 6 | GENE_SYMBOL | HUGO gene symbol |
| 7 | REF_SEQ | RefSeq |
| 8 | OMIM_ID | OMIM ID |
| 9 | GENE_ID | GeneID |
| 10 | PUBMED_ID | PubMed ID |
| 11 | JSNP_ID | dbSNP rs# |
| 12 | MS_ID | Marker Name |
| 13 | PDB_ID | PDB ID |
| 14 | FR_ID | fRNAdb ID |
| 15 | ENST_ID | Ensembl Transcript ID |
| 16 | ENSG_ID | Ensembl Gene ID |
| 17 | CLONE_ID | Clone ID (by NBRC) |
| 18 | FLJ_ID | FLJ ID (by NBRC) |
| 19 | HPRD_ID | HPRD ID |
| 20 | CIPRO_ID | CIPRO ID |
| No. | 形式 | 概要 |
|---|---|---|
| 1 | MMU_MGI_ID | MGI Marker Accession ID |
| 2 | MMU_ACC_ID | Accession Number |
| 3 | HIT_ID | H-Inv transcript ID (HIT) |
| 4 | MMU_UNIPROT_ID | UniProt Accession Number |
| 5 | MMU_REF_SEQ | RefSeq |
| 6 | MMU_GENE_ID | GeneID |
| 7 | MMU_PUBMED_ID | PubMed ID |
| 8 | MMU_ENST_ID | Ensembl Transcript ID |
| 9 | MMU_ENSG_ID | Ensembl Gene ID |
| 10 | MMU_CLONE_ID | Clone ID(FANTOM) |
| 11 | MMU_GENE_SYMBOL | Mouse Gene Symbol(MGI) |
| 12 | MMU_PDB_ID | PDB ID |
| 13 | MMU_BRC_MS_ID | BRC ID |
| 14 | MMU_ALLELE_ID | ALLELE ID |
| No. | 形式 | 概要 |
|---|---|---|
| 1 | CCO_CHEBI_ID | ChEBI ID |
| 2 | CCO_DRUGBANK_ID | DrugBank ID |
| 3 | CCO_KEGGCOMPOUND_ID | KEGG Compound ID |
| 4 | CCO_KEGGDRUG_ID | KEGG Drug ID |
| 5 | CCO_NIKKAJI_ID | NIKKAJI ID |
| 6 | CCO_PDBECHEM_ID | PDBeChem ID |
| 7 | CCO_PHARMGKB_ID | PharmGKB ID |
| 8 | CCO_C_ID | PubChem Compound ID |
| 9 | CCO_S_ID | PubChem Substance ID |
| 10 | PDB_ID | PDB ID |
| 11 | CCO_PUBMED_ID | PubMed ID |
| 12 | UNIPROT_ID | Uniprot Accession Number |
| 13 | CCO_CAS_ID | CAS ID |
| No. | Format | Outline |
|---|---|---|
| 1 | CIN_ACC_ID | Accession Number |
| 2 | HIT_ID | H-Inv transcript ID (HIT) |
| 3 | CIN_UNIPROT_ID | UniProt Accession Number |
| 4 | CIN_UNIREF_ID | UniRef100 Accession Number |
| 5 | CIN_REF_SEQ | RefSeq |
| 6 | CIN_GENE_ID | GeneID |
| 7 | CIN_PUBMED_ID | PubMed ID |
| 8 | CIN_ENST_ID | Ensembl Transcript ID |
| 9 | CIN_ENSG_ID | Ensembl Gene ID |
| 10 | CIN_CIPRO_ID | Cipro ID |
| 11 | CIN_GHOST_ID | Ghost ID |
| 12 | CIN_ANISEED_ID | Aniseed Gene ID |
| No. | 形式 | 概要 |
|---|---|---|
| 1 | TRANSCRIPTVIEW | H-InvDB (Transcript view) |
| 2 | LOCUSVIEW | H-InvDB (Locus view) |
| 3 | GINTEGRA | H-InvDB (G-integra) |
| 4 | PPI | H-InvDB (PPI view) |
| 5 | NUCLEOTIDE | Nucleotide (NCBI) |
| 6 | GENBANK | GenBank (NCBI) |
| 7 | ENTREZGENE | Entrez Gene (NCBI) |
| 8 | OMIM | OMIM (NCBI) |
| 9 | PUBMED | PubMed (NCBI) |
| 10 | GEMDBJ | GeMDBJ |
| 11 | HUGO | HUGO |
| 12 | MUTATIONVIEW | MutationView |
| 13 | HGOLD | H-GOLD |
| 14 | PDB | PDB |
| 15 | UNIPROT | UniProt |
| 16 | ENST | Ensembl Transcriptview |
| 17 | ENSG | Ensembl Geneview |
| 18 | GGDB | GGDB |
| 19 | FRNADB | fRNAdb |
| 20 | NBRC | NBRC |
| 21 | HGPD | HGPD |
| 22 | KEGG | KEGG Gene |
| 23 | PATHWAY | KEGG Pathway |
| 24 | HPRD | HPRD |
| 25 | LEGENDA | LEGENDA |
| 26 | EVOLA | EVOLA |
| 27 | HDBAS | H-DBAS |
| 28 | GCOMPASS | G-Compass |
| 29 | PROTEINVIEW | Protein View |
| 30 | CIPRO | CIPRO |
| 31 | HANGEL | H-ANGEL |
| 32 | FLJH | FLJ Human cDNA |
| 33 | VARYSYSDB | VarySysDB |
| No. | 形式 | 概要 |
|---|---|---|
| 1 | NUCLEOTIDE | Nucleotide (NCBI) |
| 2 | GENBANK | GenBank (NCBI) |
| 3 | ENTREZGENE | Entrez Gene (NCBI) |
| 4 | PUBMED | PubMed (NCBI) |
| 5 | UNIPROT | UniProt |
| 6 | ENST | Ensembl Transcriptview |
| 7 | ENSG | Ensembl Geneview |
| 8 | KEGG | KEGG Gene |
| 9 | PATHWAY | KEGG Pathway |
| 10 | EVOLA | EVOLA |
| 11 | MGI | MGI Gene |
| 12 | IKMC | IKMC |
| 13 | FANTOM | FANTOM |
| 14 | PDB | PDB |
| 15 | BRC_MS | BRC Mouse Strain |
| 16 | ALLELE | MGI Allele |
| No. | 形式 | 概要 |
|---|---|---|
| 1 | PUBCHEM_C | PubChem Compound |
| 2 | PUBCHEM_S | PubChem Substance |
| 3 | DRUGBANK | DrugBank |
| 4 | KEGGDRUG | Kegg Drug |
| 5 | KEGGCOMPOUND | Kegg Compound |
| 6 | CHEBI | ChEBI |
| 7 | PHARMGKB | PharmGKB |
| 8 | PDBECHEM | PDBeCem |
| 9 | NIKKAJI | NIKKAJI |
| 10 | CAS | CAS |
| 11 | CITEXPLORE | CiteXplore |
| 12 | PUBMED | PubMed (NCBI) |
| 13 | PDBJ | PDBj |
| 13 | UNIPROT | UniProt |
| No. | Format | Outline |
|---|---|---|
| 1 | NUCLEOTIDE | Nucleotide (NCBI) |
| 2 | GENBANK | GenBank (NCBI) |
| 3 | ENTREZGENE | Entrez Gene (NCBI) |
| 4 | PUBMED | PubMed (NCBI) |
| 5 | UNIPROT | UniProt |
| 6 | UNIREF | UniRef100 |
| 7 | ENST | Ensembl Transcriptview |
| 8 | ENSG | Ensembl Geneview |
| 9 | CIPRO | Cipro |
| 10 | TRANSCRIPTVIEW | H-InvDB (Transcript view) |
| 11 | GHOST | Ghost |
| 12 | ANISEED | Aniseed |
ウェブサービスでリンク自動管理システムにアクセスし、リンク先に該当するデータがある場合のみ、リンクが埋め込まれたIDを表示する方法です。この方法だとリンク先のデータの有無がわかるので、ユーザにとって非常に便利です。リンク先のデータがない場合は、"No Link"と表示されます。使い方は、
サンプル１
サンプル２
のソースをご覧いただき、コピーしてお使いください（IDの部分だけ書き換えます）。このサンプル１では、OMIM IDを手がかりとしてH-InvDBのLocus viewへのリンクを自動生成しています。HTMLの中にJava Scriptを数行埋め込むだけで、利用可能です。サンプル２は24種類のデータベースへのリンクを表示しています。
あるデータベースのIDを指定すると、それと対応する他のデータベースのIDを「芋づる式」に検索して表示します。デフォールトでは対象データベースとして[All Databases]が選択されており、本システムが対応しているすべてのデータベースへのリンクが表示されます。対応するIDが1件の場合は自動転送されますが、複数のIDが対応する場合はその一覧が表示されます。
新着データのハイライト機能について： 前週の月曜日の全リンク情報と比べて新たにリンクされたデータがみつかった場合に、「New」のマークが表示されます。そのため、週に一度以上全データベース検索を実行すれば、新着データを見落とすことがなくなり、便利です。
最新のID対応表をダウンロードをすることができます。2種類のIDを選んで検索ボタンを押し、現れたID対応表のファイルをダウンロードします。ダウンロードファイルは、タブ区切りのテキスト形式です。
ID識別システム（ID Resolver）は、IDの種類がわからないときにそのIDの種類を識別して、リンク先を示すツールです。複数のデータIDを一度に入力できます。
- Webサービス
本システムでは、以下のデータベースからデータを取得しています。
また、IDの対応表は以下の図に基づいて作成しています。線で結ばれた経路をたどることにより、すべてのデータの対応関係を解析しています。
H-InvDB http://www.h-invitational.jp/hinv/ahg-db/index.jsp
-Accession Number |
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
-Accession Number |
HUGO http://www.genenames.org/
-HUGO gene symbol |
H-GOLD http://www.h-invitational.jp/gdbs/
-Accession Number |
GeMDBJ https://gemdbj.nibio.go.jp/
-HUGO gene symbol |
PDBj http://www.pdbj.org/
-UniProt Accession Number |
MutationView http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/MutationView/jsp/mutview/index.jsp
-HUGO gene symbol |
Ensembl http://www.ensembl.org/index.html
-HUGO gene symbol |
UniProt http://www.uniprot.org/
-UniProt Accession Number |
fRNAdb http://www.ncrna.org/frnadb
-Accession Number |
GGDB http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb/
-HUGO Gene Symbol |
HGPD http://www.HGPD.jp/
-Accession Number |
KEGG http://www.genome.jp/kegg/
-GeneID |
HPRD http://www.hprd.org/
-GeneID |
NBRC http://www.nbrc.nite.go.jp/e/index.html
-Accession Number |
LEGENA http://h-invitational.jp/legenda/top.htm
-GeneID |
Evola http://www.h-invitational.jp/evola/search.html
-H-Inv transcript ID(HIT) |
H-DBAS http://h-invitational.jp/h-dbas/
-Accession Number |
G-Compass http://h-invitational.jp/g-compass/
-H-Inv transcript ID(HIT) |
Protein View http://h-invitational.jp/hinv/help/help_index.html
-H-Inv protein ID (HIP) |
CIPRO http://cipro.ibio.jp/
-Accession Number |
H-ANGEL http://h-invitational.jp/hinv/h-angel/
-Accession Number |
FLJ Human cDNA http://flj.hinv.jp/
-Accession Number |
VarySysDB http://h-invitational.jp/varygene/home.htm
-Accession Number |
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
-Accession Number |
Ensembl http://www.ensembl.org/index.html
-Accession Number |
UniProt http://www.uniprot.org/
-UniProt Accession Number |
KEGG http://www.genome.jp/kegg/
-GeneID |
Evola http://www.h-invitational.jp/evola/search.html
-H-Inv transcript ID(HIT) |
MGI http://www.informatics.jax.org/
-MGI Marker Accession ID |
IKMC http://www.knockoutmouse.org
-MGI Marker Accession ID |
FANTOM http://fantom3.gsc.riken.jp/
-Accession Number |
PDB http://www.pdbj.org/
-PDB ID |
BRC Mouse Strain https://database.riken.jp/sw/en/BRC_Mouse_Strain/cria315s1i/
-BRC ID |
MGI Allele http://www.informatics.jax.org/
-Allele ID |
PubChem http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
-PubChem Compound ID |
DrugBank http://www.drugbank.ca/
-DrugBank ID |
KeggDrug http://www.kegg.jp/kegg/drug/
-KEGG Drug ID |
KeggCompound http://www.genome.jp/kegg/compound/
-KEGG Compound ID |
ChEBI http://www.ebi.ac.uk/chebi/
-ChEBI ID |
PharmGKB http://www.pharmgkb.org/
-PharmGKB IDr |
PDBeChem http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/msdchem/cgi-bin/cgi.pl?APPLICATION=1
-PDBeChem ID |
NIKKAJI http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top_e.jsp
-NIKKAJI ID |
PDBj http://www.pdbj.org/
-PDB ID |
UniProt http://www.pir.uniprot.org/
-Uniprot Accession Number |
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
-Accession Number |
UniProt http://www.uniprot.org/
-UniProt Accession Number |
Ensembl http://www.ensembl.org/index.html
-Ensembl Transcript ID (ENST) |
Cipro http://cipro.ibio.jp/
-Cipro ID |
Ghost http://hoya.zool.kyoto-u.ac.jp/
-Ghost ID |
Aniseed http://aniseed-ibdm.univ-mrs.fr/index.php
-Aniseed Gene ID |
